Я до недавнего времени тоже так считал. Но очень авторитетные люди мне сказали, что через 30 минут бездействия - бактерии гибнут все.
По этому, я бы слил воду, перевез, высыпал субстрат в пластиковый тазик и душем лил бы воду, перемешивая субстврат, пока не сольется основной мусор.
А так как в аквариуме останется грунт с бактериями, то заселение фильтра новыми бактериями пройдет безболезнено. Если аквариум не перенаселен, конечно.